Zeytin budama yapılmazsa, ağaçlarda şekil bozukluğu oluşur, sürgün gelişimi ve mahsul veriminde denge kaybolur. Bu nedenle ağaçta kuruma ve çalılık meydana gelir. Ağaçtaki bitki özsuyu dolaşımı bozulur, ürünlerin kalitesi ve miktarı beklenenden az olur.

Zeytin budama, her mevsimde yapılabilse de en doğru yaklaşım, ilkbaharda don tehlikesinin geçmesinden sonra, henüz sürgün büyümesi başlamadan yapılmasıdır. Her yıl hafif de olsa budama yapılması faydalıdır. Bu mümkün değilse, en az iki yılda bir yapılmalıdır. Bu durumda dolu yılın başlangıcında budama yapmak, yok yılındaki farkı azaltacaktır. Eğer budamayı 4-5 yılda bir yaparsanız, bu sert kesimlerin yapılmasına neden olur ve periyodisite artar. Ağaçlar zeytin dal kanserine yakalanmışsa, kanserli bölgelerin kesilmesi Temmuz veya Ağustos aylarında yapılmalıdır. Zeytin ağaçları dondan zarar gördüyse, bir yıl bekleyip ardından normal budama sürecinde dondan zarar gören dallar ve sürgünler çıkarılmalıdır.

Budama yaparken zeytin ağaçlarında yara yüzeyi açılmamasına dikkat edilmelidir. Özellikle kalın dallar kesilirken, kabukların sıyrılmaması gerekir. Önce yük alma işlemi yapılarak, bu duruma engel olunabilir.

Zeytin ağaçlarında zeytin dal kanseri hastalığı varsa, kullanılan budama aletlerini ağaçtan ağaca geçirirken %5 oranlık göztaşı eriyiğine, çamaşır suyuna ya da alevden geçirmeye çalışın. Bu sayede aletler dezenfekte edilmiş olur.

Zeytin budama sırasında, ağaçta kökten alınan suyun yeterli olacağı ve güneşten en iyi şekilde yararlanacağı şekilde taç hacmi oluşturulmalıdır. Bunun için yeni dikilecek zeytin fidanlarını tek gövdeli yaparak, topraktan yaklaşık 50 cm yüksekliğe çıkmış sürgünlerde uç alma yapılmalıdır. Ancak fidanın doruk dalı kesinlikle kesilmemelidir. Şekil budaması yapılan genç ağaçlarda ve verimli yaşlı ağaçlarda, 0.7-1 metre yüksekliğindeki gövdeden farklı yönlere çıkmış 3-4 ana dalın olmasına özen gösterilmelidir. Zeytin ağaçlarının tacında en yüksek düzeyde güneşlenmenin olacağı şekilde yaprak ve odun miktarının dengelenmesi gerekir.

Ağaçlarda oluşacak yara yerinin kolay kapanması, havanın soğuk ve sıcağından korunması, zararlılardan ve hastalıklardan korunması için budamadan sonra bordo bulamacı kullanılarak ilaçlama yapılmalıdır. Bordo bulamacı zeytin ağaçlarına su yürütmeden evvel %2 oranında, su yürüdükten sonra %1 oranında olmalıdır. Ağaçların çiçeklenme döneminde ise ilaçlama yapılmamalıdır.

Kalın dallar kesildiğinde, yüzeylere 3 bölüm bitkisel katran ve 1 bölüm göztaşı sürülmelidir. Aksi halde yara yerlerinin kapanması zor olur ve daha sonradan kurumalar meydana gelir.

Zeytin budama sonrasında kalan budama artıkları, malçlama denen işlem sayesinde ağaca geri kazandırılmalıdır. Bu işlem, kalın talaş şeklindeki artıkların ağaç altına serilmesiyle yapılır. Bu, topraktan su kaybını azaltır ve aynı zamanda toprağa organik madde sağlar. Yapraklar toprağı tamamen örterse, bu bölgede yabani ot çıkması da engellenir. Budama artıklarının bir kısmı ise filizkıran zararlısı için tuzak olarak da kullanılabilir.